Súbor proteínovej databanky (PDB) je formát súboru používaný na ukladanie trojrozmerných biologických údajov. Súbory PDB sa bežne používajú na ukladanie údajov o proteínoch, nukleových kyselinách a iných biomolekulách. Súbory PDB je možné prezerať rôznymi spôsobmi, a to aj prostredníctvom softvéru, ako sú PyMOL a VMD. V systéme Windows 11 môžete otvoriť súbor PDB tak, že prejdete do Prieskumníka súborov, kliknete na kartu Zobraziť a potom vyberiete možnosť zobraziť skryté súbory a priečinky. Keď to urobíte, mali by ste byť schopní nájsť súbor PDB, ktorý chcete zobraziť. Súbory PDB sú dôležitým nástrojom pre vedcov pracujúcich s biomolekulami, pretože umožňujú vizualizáciu a analýzu údajov v troch rozmeroch. Pochopenie toho, ako otvárať a prezerať súbory PDB, je preto dôležitou zručnosťou pre každého, kto pracuje v oblasti bioinformatiky alebo výpočtovej biológie.
Súbory proteínovej databanky (PDB). sú trojrozmerné molekulárne súbory, ktoré uchovávajú molekulárne štruktúry. Teraz, ak vás zaujíma, ako otvoriť takéto súbory na počítači, tento príspevok vás bude zaujímať. Tu budeme podrobne diskutovať o súboroch PDB a o tom, ako zobraziť takéto súbory v systéme Windows 11/10. Takže, bez ďalších okolkov, poďme sa na to pozrieť!
Čo je súbor proteínovej databanky (PDB)?
Proteínová databanka (PDB) je databáza 3D štruktúrnych údajov pre proteíny, nukleové kyseliny a iné veľké molekuly. Súbor z HDP Prípona súboru je v podstate súbor obsahujúci údaje týkajúce sa štruktúry 3D biologickej molekuly. Údaje zahŕňajú atómové súradnice, atómové štruktúry, atómovú konektivitu, proteínovú štruktúru, štruktúru nukleovej kyseliny a ďalšie. Obsahuje aj experimentálne metadáta.
Tento formát súboru je široko používaný v bioinformatike na výmenu proteínových súradníc. Obsahuje tisíce riadkov popisujúcich štruktúru proteínu. Teraz, ak chcete čítať alebo prezerať súbory PDB na počítači so systémom Windows, musíte použiť špecializovaný nástroj tretej strany, pretože na to neexistuje žiadna natívna aplikácia. V tomto príspevku budeme diskutovať o rôznych spôsoboch zobrazenia súboru PDB v systéme Windows 11/10.
Ako zobraziť súbor Protein Data Bank (PDB) v systéme Windows 11?
Existujú dva spôsoby zobrazenia súboru Protein Data Bank (PDB) v systéme Windows 11/10, a to:
- Na prezeranie súborov PDB použite bezplatný softvér.
- Vyskúšajte bezplatný online nástroj na čítanie súborov PDB.
1] Na prezeranie súborov PDB použite bezplatný softvér.
Môžete použiť softvér Windows tretej strany, ktorý vám umožňuje otvárať a prezerať súbory PDB. Pre systém Windows je k dispozícii niekoľko bezplatných aplikácií pre stolné počítače, ktoré môžete vyskúšať. Tu je niekoľko dobrých, ktoré môžete použiť:
- IQmol
- Swiss-PdbViewer
- Cumol
- Molekula
- RasMol
A] IKmol
IQmol je bezplatný a open source molekulárny editor a vizualizačný softvér pre Windows 11/10. Pomocou neho môžete prezerať PDB, ako aj rôzne iné súbory 3D molekúl, ako sú MOL, SMI, CUBE, XYZ atď. V tomto softvéri nájdete všetky dôležité nástroje molekulárnej vizualizácie. Tieto nástroje siahajú od základných až po pokročilé. Okrem prezerania súboru PDB môžete tiež upravovať molekulárnu štruktúru.
Umožňuje vám otvoriť viacero súborov PDB súčasne a zobraziť ich všetky súčasne. Na paneli Model View môžete povoliť alebo zakázať vykresľovanie jedného alebo viacerých súborov PDB.
Hlavné vlastnosti IQmol:
Funkcie tohto bezplatného a otvoreného prehliadača súborov PDB, na ktoré sa môžete pozrieť, sú:
- Nájdete tu všetky štandardné nástroje na prehliadanie súborov, vrátane priblíženia/oddialenia (s kolieskom myši), posúvania, otáčania, celej obrazovky, resetovania zobrazenia, zobrazenia osí atď.
- Umožňuje prispôsobiť vzhľad modelu úpravou parametrov, ako je shader, okolité svetlo, difúzia, sila hmly, zvýraznenia, intenzita šumu, parametre POV-Ray atď.
- Môžete tiež pridať atómové značky, ako je hmotnosť atómu, čiastočný náboj, NMR, hustota rotácie atď.
- To vám umožní prispôsobiť nastavenia fotoaparátu podľa vašich predstáv. Môžete upraviť projekciu kamery, polohu atď.
- mať pohodlné Automatické otáčanie funkcia, ktorá umožňuje automatické otáčanie molekulárneho modelu.
- Aktuálnu reprezentáciu proteínovej štruktúry môžete uložiť vo formáte obrázka, ako je PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS atď.
- Umožňuje vám tiež konvertovať PDB na iné súbory molekúl pomocou funkcie „Uložiť ako“. Podporované výstupné formáty: XYZ, MOL, MOL2, CML atď.
- Môžete ho použiť aj vy Kalkulácia funkcie na výpočet energia molekulovej štruktúry, sily, PES sken, prechodový stav, chemické posuny, geometria, energia rozkladu, korekcia BSSE, a tak ďalej.
Okrem funkcií na prezeranie získate špeciálnu ponuku Build so sadou funkcií molekulárnej konštrukcie. Medzi tieto funkcie patrí pridávanie nových atómov, vkladanie nových molekúl, minimalizácia štruktúry, nastavenie izotopov a ďalšie.
Toto je naozaj dobrý softvér na molekulárne modelovanie, pomocou ktorého si môžete vizualizovať súbory proteínovej databanky na vašom PC. Ak sa vám páči, stiahnite si odtiaľ .
Pozri: Chem4Word je chemický doplnok pre Microsoft Word. .
B] Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer je špeciálny bezplatný prehliadač súborov PDB pre Windows 11/10. Umožňuje vám vizualizovať a analyzovať niekoľko proteínových štruktúr súčasne. Môžete analyzovať štruktúru proteínu, štruktúru DNA atď. obsiahnuté v súbore PDB. Okrem súboru PDB vám tiež umožňuje otvárať a prezerať súbory MOL a MMCIF.
Keď otvoríte súbor PDB, na rozhraní sa zobrazí 3D pohľad spolu s oknom ovládacieho panela. Ovládací panel obsahuje všeobecné informácie, zoznam a názov súboru. Štruktúru môžete jednoducho posúvať, otáčať, približovať/odďaľovať atď.
Umožňuje vám tiež zobraziť alebo skryť povrch bodu, základňu, vodíkové väzby, vektory sily a ďalšie podľa vašich preferencií. Môžete tiež zvýrazniť rôzne časti rôznymi farebnými schémami, aby ste lepšie analyzovali štruktúru. Okrem toho môžete použiť funkcie zobrazenia, ako napríklad Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels a ďalšie.
Okrem vizualizačných nástrojov získate aj množstvo funkcií molekulárneho modelovania. Okrem toho obsahuje aj výpočet energie, výpočet H-väzby, analýzu domén, detekciu domén, vytváranie 3D motívov, vytváranie kryštalografickej symetrie a ďalšie nástroje.
Môžete si ho stiahnuť z Oficiálna stránka .
Čítať: Najlepší bezplatný softvér na analýzu napájania pre Windows 11/10.
C] QMol
Cumol je ďalší bezplatný prehliadač PDB pre Windows 11/10. Je to nástroj na vizualizáciu makromolekulárnej štruktúry, pomocou ktorého si môžete prezerať súbory PDB. Ďalšie súbory, ktoré v ňom môžete otvoriť a zobraziť, sú DX, MAP, MTZ, CNS atď.
Umožňuje vám prepínať medzi perspektívnym a ortografickým pohľadom, otáčať model, približovať/odďaľovať atď. Model môžete vykresliť pomocou POV-Ray a jeho metód vykresľovania animácií. Vykreslenú štruktúru je možné uložiť vo formáte PNG. K dispozícii je aj nástroj na meranie, ktorý vám umožňuje merať vzdialenosť, uhol a skrútenie v modeli.
Môžete tiež nájsť niektoré ďalšie nástroje na ďalšiu analýzu proteínovej štruktúry. Tieto nástroje zahŕňajú Molekulárna superpozícia, Mol povrchová fréza, Mol povrchová generácia, Mol väzbový editor, interakčná analýza, Mol morph animácia, a tak ďalej.
Je to dobrý softvér na vizualizáciu a analýzu proteínovej štruktúry prítomnej v súboroch PDB.
Pozri: .LIT možnosť # Ako previesť LIT na EPUB alebo MOBI v systéme Windows?
softvér na zálohovanie e-mailov
D] Molekuly
Ďalším zobrazovacím softvérom PDB na tomto zozname je Molekel. Toto je pomerne starý, ale výkonný softvér na molekulárnu vizualizáciu, ktorý vám umožňuje otvárať a prezerať súbory PDB. Môžete nájsť mnoho nástrojov molekulárnej vizualizácie a analýzy, ktoré vám umožňujú analyzovať proteínové štruktúry.
Umožňuje prispôsobiť zobrazenie molekúl, atómov, väzieb, zvyškov atď. Pre každý z nich si môžete vybrať rôzne typy zobrazenia, ako napríklad Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Drôt, palica, lineárna páska atď. Okrem toho môžete upraviť vlastnosti 3D zobrazenia, zobraziť/skryť ohraničujúce rámčeky, použiť shadery atď. Umožňuje vám zobraziť súbor PDB zmenou elektrónovej hustoty povrchu štruktúru a pridanie povrchu dostupného pre rozpúšťadlo do štruktúry.
môžeš nájsť Animácia funkcia v ňom prehrať animáciu štruktúry molekuly. Má tiež špeciálne menu „Analýza“ s príslušnými nástrojmi. Pomocou analytických nástrojov môžete určiť mriežkové údaje, hustotu rotácie, molekulárny elektrostatický potenciál, emisné spektrum, vzdialenosť, uhol a ďalšie pre štruktúru.
Umožňuje tiež konvertovať súbory PDB do rôznych formátov súborov. Tieto formáty zahŕňajú PDF, PS, EPS a Image. Ak sa vám to páči, môžete to získať Tu .
Čítať: Aplikácia Complete Anatomy App je hodné stiahnutia pre Windows. .
E] Rasmol
RasMol môžete použiť aj na zobrazenie súborov PDB v systéme Windows 11/10. Je to bezplatný softvér s otvoreným zdrojom, ktorý vám umožňuje vizualizovať a analyzovať molekulárne štruktúry. Podporuje tiež otváranie a prezeranie iných súborov ako MOL, XYZ, CIF, MOPAC atď.
Umožňuje vám zobraziť štruktúru ako rám, osnovu, prúty, stuhy, pramene atď. Rôzne časti štruktúry môžete tiež zvýrazniť rôznymi farbami. Umožňuje tiež zobraziť alebo skryť atómy vodíka, heteroatómy, tiene, štítky atď. podľa vašich preferencií. Môžete tiež merať vzdialenosť, krútenie, uhol a ďalšie hodnoty v štruktúre.
Tento softvér je k dispozícii Tu .
Pozri: Najlepší bezplatný softvér 3D ľudskej anatómie pre Windows.
2] Vyskúšajte bezplatný online nástroj na čítanie súborov PDB.
Na otváranie a prezeranie súborov PDB môžete použiť aj bezplatný online nástroj. Na zobrazenie stačí otvoriť webovú stránku vo webovom prehliadači a stiahnuť si súbor PDB. Tu je niekoľko dobrých bezplatných online prehliadačov PDB, ktoré môžete vyskúšať:
- RCSB PNR
- Molsoft
A] RCSB PNR
systému Windows sa nepodarilo spustiť službu diagnostickej politiky
Tento bezplatný online nástroj s názvom RCSB PDB môžete použiť na vizualizáciu súborov dátovej banky proteínov. Umožňuje vám importovať súbor PDB a potom vizualizovať a analyzovať jeho molekulárnu štruktúru.
Môžete nájsť niektoré základné funkcie vizualizácie, ako je priblíženie, otočenie, rozšírené prepínanie zobrazenia portu, resetovanie kamery, prepínanie režimu výberu atď. Umožňuje vám tiež upraviť niektoré nastavenia alebo možnosti ovládania, ako je režim fotoaparátu (perspektívny alebo ortografický), farba pozadia, /vyp. zakázať oklúziu, povoliť/zakázať hmlu, orezávanie, umiestnenie atď.
Dodáva sa s Animovať funkciu. Pomocou toho môžete automaticky otáčať proteínovú štruktúru. Pomocou toho môžete nastaviť rýchlosť otáčania a uhol. Dostanete aj oddanú Meranie nástroj v ňom. Pomocou tohto nástroja môžete zistiť viacero hodnôt, ako je vzdialenosť, orientácia, uhol a ďalšie.
Okrem týchto funkcií je k dispozícii niekoľko ďalších šikovných nástrojov: vyhľadávanie motívov štruktúry, pridávanie komponentov, export animácií, export geometrie (STL, OBJ atď.) a export modelu.
Celkovo vzaté, je to naozaj dobrý bezplatný online prehliadač PDB so skvelou sadou vizualizačných nástrojov. Si môžete vyskúšať Tu .
B] Molsoft
Molsoft je ďalší online nástroj, ktorý možno použiť na vizualizáciu štruktúr PDB. Toto je jednoduchý prehliadač súborov PDB so základnými funkciami. Najprv ho otvorte webové stránky a kliknite na možnosť ponuky s tromi pruhmi. Potom vyberte možnosť „Otvoriť“ a importujte lokálne uložený súbor PDB alebo nahrajte súbor zo svojho Disku Google. Keď vyberiete súbor, zobrazí sa vám molekulárna štruktúra v prehliadači.
Na vizualizáciu štruktúry môžete použiť rôzne režimy zobrazenia. Tieto zobrazenia zahŕňajú drôtený model, kreatínfosfokinázu (CPK), guľu a tyč, stuhu a ďalšie. Medzi týmito režimami zobrazenia môžete jednoducho prepínať podľa svojich požiadaviek. Okrem toho vám umožňuje povoliť alebo zakázať označenia atómov, označenia zvyškov, vodíkové väzby a miesta pre lepšie pochopenie štruktúry.
Poskytuje tiež nástroje na meranie. V modeli môžete merať vzdialenosť, plochý uhol a uhol natočenia. Okrem toho je k dispozícii šikovná funkcia Color by , ktorá umožňuje zafarbiť štruktúru podľa typu atómu, reťazca, zarovnania, sekundárnej štruktúry atď.
Toto je ďalší dobrý online prehliadač súborov PDB, ktorý si môžete vyskúšať zadarmo.
Ako stiahnuť súbor PDB z Protein Data Bank?
Ak chcete stiahnuť súbor PDB z Protein Data Bank, môžete navštíviť webovú stránku Protein Data Bank, zadať a vyhľadať názov proteínu alebo makromolekuly, ako napríklad ľudský hemoglobín, chitináza atď. Potom vyberte súbor z výsledkov vyhľadávania a použite možnosť stiahnutia na stiahnutie súboru PDB. Také jednoduché.
Ako zobraziť štruktúry PNR?
Molekulové štruktúry PDB je možné zobraziť pomocou špeciálneho online nástroja alebo softvérovej aplikácie. Môžete vyskúšať bezplatný softvér ako IQmol, Swiss-PdbViewer a CueMol na vizualizáciu a analýzu štruktúr PDB na vašom PC. Ak uprednostňujete používanie online nástroja, existuje veľa možností. Skúste napríklad webové služby ako RCSB PDB a Molsoft. Toto sú bezplatné online prehliadače súborov PDB, ktoré poskytujú pokročilé nástroje molekulárnej vizualizácie a analýzy.
Ako previesť súbor PDB do PDF?
Ak chcete previesť súbor PDB do formátu PDF, môžete použiť túto bezplatnú počítačovú aplikáciu s názvom Molekel. Poskytuje špeciálnu možnosť „Uložiť do PDF“, ktorá vám umožňuje previesť súbor PDB do formátu PDF. Môžete otvoriť súbor PDB a potom kliknúť na „Súbor“ > „Uložiť do PDF“, čím prevediete PDB do PDF. O tomto softvéri sme podrobne diskutovali v tomto príspevku, pozrite si ho vyššie.
To je všetko.
Teraz si prečítajte: Najlepší bezplatný softvér na molekulárne modelovanie pre Windows.
